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Es el año 1923, en Munich. Han pasado dos años desde el episodio final de la serie "Fullmetal Alchemist", dos años desde que Edward se sacrificara para poder resucitar a su hermano Alphonse y que llegara nuestro mundo. Hasta entonces, Ed ha estado intentando volver a su mundo, estudiando sobre cohetes y el viaje al espacio, creyendo que así podrá regresar. Mientras, Al viaja por su mundo buscando la manera de poder recuperar a su hermano. Lo que ellos no saben es que una organizacion oculta prepara un plan que podría poner en peligro ambos mundos.